基于GBS-seq的青藏扁蓿豆SNP标记开发

	基于GBS-seq的青藏扁蓿豆SNP标记开发
	周晓楠; 徐金青; 雷雨晴; 王海庆
刊名	生物技术通报
	2022
卷号	38 期号:04 页码:303-310
关键词	青藏扁蓿豆 GBS SNP 遗传结构遗传多样性
英文摘要	开发青藏扁蓿豆(Medicago archiducis-nicolai)单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism，SNP)，并开展遗传多样性初步分析，为青藏扁蓿豆种质资源的评价与利用提供理论支持。以5个青藏扁蓿豆群体共80份材料进行GBS(genotyping-by-sequencing)测序，采用GATK软件开发SNP标记，并以此进行遗传结构和遗传多样性的初步分析。测序产生的序列数据量为60.79 Gb，过滤后共获得12 796个SNP位点，且SNP突变类型存在明显的转换型偏差现象。不同地理来源青藏扁蓿豆群体观测杂合度(H_O)为0.187 68-0.304 36，期望杂合度(H_E)为0.201 97-0.364 34，遗传多样性指数(Pi)为0.178 32-0.241 34；祁连(QLCD)群体具有相对最高的遗传多样性水平。遗传结构分析表明5个群体分为2组，且群体遗传距离与地理距离之间存在极显著的正相关性。SNP标记适用于青藏扁蓿豆遗传多样性分析。
内容类型	期刊论文
源URL	[http://210.75.249.4/handle/363003/61529]
专题	西北高原生物研究所_中国科学院西北高原生物研究所
推荐引用方式 GB/T 7714	周晓楠,徐金青,雷雨晴,等. 基于GBS-seq的青藏扁蓿豆SNP标记开发[J]. 生物技术通报,2022,38(04):303-310.
APA	周晓楠,徐金青,雷雨晴,&王海庆.(2022).基于GBS-seq的青藏扁蓿豆SNP标记开发.生物技术通报,38(04),303-310.
MLA	周晓楠,et al."基于GBS-seq的青藏扁蓿豆SNP标记开发".生物技术通报 38.04(2022):303-310.