题名 | 海豚链球菌诱导的牙鲆microRNA表达、调控及功能研究 |
作者 | 刘爽 |
答辩日期 | 2020-05-16 |
文献子类 | 博士 |
授予单位 | 中国科学院大学 |
授予地点 | 中国科学院海洋研究所 |
导师 | 孙黎 |
关键词 | Microrna,牙鲆,海豚链球菌,双特异性磷酸酶dusp6,fas介导的凋亡抑制因子faim1 |
学位名称 | 理学博士 |
其他题名 | A study on the expression, regulation, and function of Streptococcus iniae-induced microRNAs of Paralichthys olivaceus |
学位专业 | 海洋生物学 |
英文摘要 | 海豚链球菌(Streptococcus iniae, S. iniae)是海水养殖鱼类重要的细菌性病原,给水产养殖业造成了巨大的经济损失,严重阻碍了鱼类养殖业的健康发展。目前,愈来愈多的国内外研究人员从宿主(海水鱼类)免疫防御机制等方面开展系统的研究,以此为海豚链球菌病的防御提供理论基础和科学依据。 MicroRNA(miRNA)参与许多生物活动,包括对病原体的免疫防御。在本论文研究中,我们应用高通量测序技术分析海豚链球菌感染后不同时间点(6h和24h)牙鲆体内的miRNA表达情况。共鉴定出1038个miRNAs,其中249个miRNAs是新颖的miRNAs,81个miRNAs在感染海豚链球菌后呈现显著差异表达,被命名为DEmiRNAs(Differentially Expressed miRNAs)。在这81个DEmiRNAs中,34个和58个miRNA分别出现在感染后6小时和24小时。大多数DEmiRNAs具有很强的时间特异性,仅有13.6%的DEmiRNAs同时出现在两个时间点。对81个DEmiRNAs进行靶基因预测分析,发现了9582个预测靶基因。通过GO(Gene Ontology)分析,这些靶基因被富集到各种GO terms,主要包括生物过程(biological process)、分子功能(molecular function)和细胞组分(cellular component)。 KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析表明,这些靶基因也被富集到各种KEGG 通路,主要包括内吞作用和溶酶体相关途径以及MAPK、ErbB和AMPK等信号传导途径。 自上述发现的DEmiRNAs中,选择了两个DEmiRNAs ,即pol-3p-10740_175和pol-miR-216b,对其进行了调控与功能研究。发现pol-3p-10740_175靶向双重特异性磷酸酶6(dual specificity phosphatase 6,Dusp6),并抑制后者的表达。用pol-3p-10740_175转染牙鲆FG细胞可显著性抑制海豚链球菌入侵。发现pol-miR-216b的表达水平在海豚链球菌和细胞肿大病毒(megalocytivirus)感染过程中发生显著变化。进一步研究发现pol-miR-216b靶向Fas凋亡抑制分子(Fas apoptotic inhibitory molecule, transcript variant X1,FAIM1)。pol-miR-216b通过与牙鲆FAIM1(命名为PoFAIM1)的3’-UTR相互作用而调控PoFAIM1表达。Fas凋亡抑制分子是一种抗凋亡蛋白,其在鱼类中的功能作用尚不清楚。我们发现PoFAIM1与哺乳动物FAIMs在结构上高度保守,都有一个FAIM1结构域。为了研究PoFAIM1的功能,我们构建了干扰PoFAIM1表达的RNAi干扰表达质粒,并检测了它们的体内效应,发现干扰表达质粒能显著抑制PoFAIM1在牙鲆肝、脾、肾、肠中的表达。 综上所述,本论文研究首次鉴定了海豚链球菌诱导的牙鲆miRNA表达谱图,发现了海豚链球菌调控的大量miRNAs,证明了miRNA参与抗海豚链球菌感染免疫。这些研究结果加深了我们对鱼类miRNA在抗细菌感染免疫中的作用的理解。 |
语种 | 中文 |
目次 | 目 录 1.1.4 宿主miRNA介导的免疫防御和对微生物感染进程的影响... 4 1.3双重特异性磷酸酶6(dual-specificity phosphatases 6,Dusp6)的研究进展... 10 1.4 Fas凋亡抑制分子(Fas apoptotic inhibitory molecule, FAIM)研究进展... 12 第2章 海豚链球菌感染条件下牙鲆miRNA表达谱的鉴定... 17 2.1.6 反转录荧光定量PCR(qRT-PCR)... 20 2.2.1 感染和未感染海豚链球菌牙鲆的miRNAs鉴定... 23 2.2.2 海豚链球菌感染条件下牙鲆miRNAs的差异表达... 23 2.2.3 差异表达miRNAs的qRT-PCR验证... 25 2.2.4 DEmiRNAs靶基因预测和富集性分析... 26 第3章 pol-3p-10740_175对靶基因的调控及对海豚链球菌侵染的影响... 39 3.2.1 海豚链球菌感染对pol-3p-10740_175预测靶基因表达的影响... 50 3.2.2 pol-3p-10740_175 对Dusp6的调控作用... 51 3.2.3 pol-3p-10740_175对海豚链球菌感染的影响... 52 第4章 pol-miR-216b的靶基因鉴定及分析... 57 4.2.1 海豚链球菌和细胞肿大病毒感染对牙鲆pol-miR-216b和PoFAIM1表达的影响... 68 |
内容类型 | 学位论文 |
源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/164749] |
专题 | 海洋研究所_实验海洋生物学重点实验室 |
推荐引用方式 GB/T 7714 | 刘爽. 海豚链球菌诱导的牙鲆microRNA表达、调控及功能研究[D]. 中国科学院海洋研究所. 中国科学院大学. 2020. |
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