乳腺癌是目前全世界女性发病率最高的癌症，每年约有140万人被确诊为乳腺癌，死于该病的人数大约50万人。虽然医疗水平和诊疗技术在不断进步、新药物在不断研发和上市，但是全世界每年乳腺癌发病率还在不断的攀升而且发病年龄逐渐下降。这主要是因为目前为止乳腺癌的发病机制尚未明确，不能及早发现异常延误诊断致使晚期乳腺癌患者增多。研究表明绝大多数乳腺癌是多基因控制下的基因表达水平变异引起的疾病，随着测序技术的发展，RNA-Seq测序技术在全基因组水平上研究基因表达具有巨大的优势。挖掘乳腺癌样本和正常组织样本之间差异表达为理解乳腺癌的发病机制的研究奠定了一定的基础。近几年，LncRNA作为ceRNA（competing endogenous RNAs）的功能对疾病的影响得到了越来越多的关注，研究lncRNA作为ceRNA的功能在乳腺癌中的作用是乳腺癌发病机制研究的重要组成部分。本次研究从GEO数据库中下载到一份乳腺癌RNA-Seq数据，该数据可分为ER+ 乳腺癌、ER+ AJ（ER+ 乳腺癌癌旁组织）、TNBC、TNBC AJ（TNBC 癌旁组织）、Reduce（缩乳手术取出的健康组织）五组。首先应用tophat和cufflinks软件来进行转录组组装和差异表达基因的分析，然后进行差异表达基因的GO 和KEGG功能注释，最后用基因表达列联表结合starbase 数据库中的基因互作关系构建ceRNA网络并比较网络属性的差异。基因差异表达结果显示癌症组织和癌旁组织之间有7000个以上的基因差异表达。ER+乳腺癌的KEGG通路主要是激素相关的功能通路，而TNBC主要注释在细胞循环和癌症通路上。四组样本所构建的网络均是无标度网络，癌症样本网络的整体属性显著地小于非癌样本，癌症样本的节点网络属性和非癌样本之间差异显著，两个癌症样本的ceRNA网络中均没有lncRNA。KEGG通路注释结果表明ER+乳腺癌的发生主要是激素相关基因表达调控的失常而导致的，通过调控相关激素的通路有可能对ER+乳腺癌起到抑制作用；三阴性乳腺癌与ER+乳腺癌相比，它的改变更多的是与细胞凋亡相关通路，因此它对激素治疗不敏感，也更难治疗，由此推测细胞凋亡相关通路和基因有可能成为以后三阴性乳腺癌治疗的重要靶标。CeRNA网络的结果表明lncRNA行使ceRNA的功能可能是乳腺癌的一个重要特征，并推测lncRNA作为ceRNA作用的消失极有可能是癌症发生和发展的一个重要因素。