批量下载GenBank基因序列数据的新工具--NCBIminer

doi:10.17520/biods.2015120

CORC > 北京大学 > 城市与环境学院

	批量下载GenBank基因序列数据的新工具--NCBIminer; Using NCBIminer to search and download nucleotide sequences from GenBank
	徐晓婷 ; 王志恒 ; Dimitar Dimitrov ; Carsten Rahbek
刊名	生物多样性
	2015
关键词	GenBank DNA GenBank bioinformatics gene phylogenetic evolution DNA nucleotide sequences 生物信息学基因序列系统进化核苷酸序列
DOI	10.17520/biods.2015120
英文摘要	核苷酸序列是生物体遗传信息的载体,是现代生物学和生态学的基础数据.随着测序技术的进步,大量核苷酸序列被提取并存储在公共数据平台中,其中GenBank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)是目前最大的核苷酸序列数据平台之一.截至2015年2月,该平台收录核苷酸序列总数己超过1.8亿条、覆盖全球超过30万个物种.但如何从如此海量的数据中准确、快速查找并下载所需数据己成为限制基因数据广泛使用的障碍之一.为此,我们开发了一款可高效、准确下载GenBank数据的生物信息学软件NCBIminer.NCBIminer可根据用户提供的核苷酸序列名称、数据类型、一或多条初始化参考序列,查找并下载用户指定的多个物种或类群的特定基因序列数据.该软件下载地址为https://github.com/greengirl/NCBIminer/releases/,可在Windows、Linux和MAC操作系统下免费使用;同时,其操作简单,用户无需生物信息学背景.为方便该软件的使用,本文将介绍该软件的工作流程与算法、安装及使用过程中的参数设置等.; 国家自然科学基金,中国博士后科学基金; 中文核心期刊要目总览(PKU); 中国科技核心期刊(ISTIC); 中国科学引文数据库(CSCD); 4; 550-555; 23
语种	中文
内容类型	期刊论文
源URL	[http://ir.pku.edu.cn/handle/20.500.11897/414459]
专题	城市与环境学院
推荐引用方式 GB/T 7714	徐晓婷,王志恒,Dimitar Dimitrov,等. 批量下载GenBank基因序列数据的新工具--NCBIminer, Using NCBIminer to search and download nucleotide sequences from GenBank[J]. 生物多样性,2015.
APA	徐晓婷,王志恒,Dimitar Dimitrov,&Carsten Rahbek.(2015).批量下载GenBank基因序列数据的新工具--NCBIminer.生物多样性.
MLA	徐晓婷,et al."批量下载GenBank基因序列数据的新工具--NCBIminer".生物多样性 (2015).