CAPS 与熔解曲线技术相结合的菜薹SNP 基因分型体系的建立与验证

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	CAPS 与熔解曲线技术相结合的菜薹SNP 基因分型体系的建立与验证
	李平霞 1; 黄英金 1; 刘博 2; 梁建丽 2; 程锋 2; 武剑 2; 王晓武 2
刊名	园艺学报
	2013
卷号	40 期号:10 页码:1916-1927
关键词	菜薹酶切扩增多态性序列熔解曲线单个核苷酸多态性高通量基因分型
ISSN号	0513-353X
其他题名	Establishment and Validation of SNP Genotyping System by CAPS Combining Melting Curve in Brassica campestris
英文摘要	根据不同长度或不同碱基序列的DNA 片段的熔解温度(T_m)不同的原理,将酶切扩增多态性序列(cleaved amplified polymorphic sequence,CAPS)与熔解曲线(melting curve,MC)技术相结合,建立了CAPS-MC 技术,从而实现SNP 分子标记基因分型。通过菜薹‘L58’和紫菜薹‘ZCT095’的基因组重测序数据与白菜基因组的参考序列(‘Chiifu-401-42’的基因组序列)的比对,预测了719个HindⅢ内切酶识别碱基序列的SNP 位点,并将其设计成CAPS-MC 分子标记,从中随机选择10对标记进行体系建立与优化,结果显示本体系有灵敏度强、精准性高、快速、高通量、经济实用等优势。; Melting temperature (T_m) was different according to the different lengths or nucleotide sequences of DNA fragments. In this report,we established a novel single nucleotide polymorphism(SNP) genotyping system refered as CAPS-MC approach. The CAPS-MC approach combined cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) with melting curve (MC) analysis. By aligning whole genome re-sequencing data from two Brassica campestris accessions,‘L58’and‘ZCT095’,to the reference genome sequence of ‘Chiifu-401-42’,a total of 719 HindⅢ endonuclease recognition nucleotide sequence SNP polymorphisms were converted to CAPS-MC markers. We established and optimized CAPS-MC system by randomly selecting 10 pairs of these markers. Our results clearly demonstrated that CAPS-MC approach was sensitive,accurate,rapid and inexpensive. Because the melting curve of 96 samples can be measured in 22 mins once,it is well suited for high-throughput genotyping.
学科主题	园艺
语种	中文
内容类型	期刊论文
源URL	[http://111.203.20.206/handle/2HMLN22E/100599]
专题	蔬菜花卉研究所_职能部门
作者单位	1.江西农业大学农学院, 南昌, 330045 2.中国农业科学院蔬菜花卉研究所, 北京, 100081
推荐引用方式 GB/T 7714	李平霞,黄英金,刘博,等. CAPS 与熔解曲线技术相结合的菜薹SNP 基因分型体系的建立与验证[J]. 园艺学报,2013,40(10):1916-1927.
APA	李平霞.,黄英金.,刘博.,梁建丽.,程锋.,...&王晓武.(2013).CAPS 与熔解曲线技术相结合的菜薹SNP 基因分型体系的建立与验证.园艺学报,40(10),1916-1927.
MLA	李平霞,et al."CAPS 与熔解曲线技术相结合的菜薹SNP 基因分型体系的建立与验证".园艺学报 40.10(2013):1916-1927.