数据来源对蛋白质相互作用网络度分布的影响

CORC > 集美大学

	数据来源对蛋白质相互作用网络度分布的影响
	齐记 ; 邴志桐 ; 杨孔庆
刊名	http://epub.edu.cnki.net/grid2008/brief/detailj.aspx?filename=swsx201004009&dbcode=CJFQ&dbname=CJFQ2010
	2012-06-05 ; 2012-06-05
关键词	蛋白质-蛋白质相互作用度分布数据库交集广延指数函数 Protein-protein interactions Degree distribution Database intersection Stretched exponential Q51
其他题名	Effects on Degree Distribution of Protein-Protein Interaction with Source of Protein Data
中文摘要	蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)是生命体结构和生命活动的基础和特征,控制着生命活动的各个过程.PPI网络是研究蛋白质相互作用的有效手段.随着高通量实验技术的发展,越来越多的PPI数据得以使用,收录蛋白质相互作用的数据库数据每年都有变化.本文对DIP数据库从2003年到2008年的PPI网络数据分别计算度分布.为提高可信度,对注释蛋白质数据库交集进行抽样,分别探讨对不同年份的数据和注释数据库抽样对PPI网络度分布的影响.结果表明,从2003年到2008年的数据增长对PPI网络度分布没有明显影响,而且拟合度分布最优的函数并不是以往所认为的幂率分布(power-law),而是广延指数(stretched exponential)函数,数据库交集抽样同样得到广延指数(stretched exponential)函数分布最优且可信度的高低并不影响PPI网络的度分布.; Protein-protein interactions(PPI) control the whole process of life,which played a vital role in life cycle.PPI networks provided an effective way to study protein interacting.With development of high-throughput experimental technologies,increasing amount of data on protein interaction networks available.This paper studied the degree distribution of PPI networks’ data of DIP database from 2003 to 2008.In order to improve confidence of protein information,we used the annotating database intersection method.Yet,this paper investigated degree distribution of PPI networks in different years and intersection database.The results showed that data in different years and different annotating database intersection could not effect degree distribution of PPI networks.And stretched exponential function distribution is best describing the degree distribution.; 【作者单位】集美大学复杂网络研究中心；中国科学院近代物理研究所；【作者英文名】Qi Ji~1 Bing Zhi-tong~2 YANG Kong-qing~(1*) (1 Center for Complex System College of Science,Jimei University,Xiamen Fujian 361021 China) (2 Institute of Modern Physics,Chinese Academy of Sciences,Lanzhou Gansu 730000 China)
语种	中文
内容类型	期刊论文
源URL	[http://ir.calis.edu.cn/hdl/235041/15825]
专题	集美大学
推荐引用方式 GB/T 7714	齐记,邴志桐,杨孔庆. 数据来源对蛋白质相互作用网络度分布的影响[J]. http://epub.edu.cnki.net/grid2008/brief/detailj.aspx?filename=swsx201004009&dbcode=CJFQ&dbname=CJFQ2010,2012, 2012.
APA	齐记,邴志桐,&杨孔庆.(2012).数据来源对蛋白质相互作用网络度分布的影响.http://epub.edu.cnki.net/grid2008/brief/detailj.aspx?filename=swsx201004009&dbcode=CJFQ&dbname=CJFQ2010.
MLA	齐记,et al."数据来源对蛋白质相互作用网络度分布的影响".http://epub.edu.cnki.net/grid2008/brief/detailj.aspx?filename=swsx201004009&dbcode=CJFQ&dbname=CJFQ2010 (2012).